Al rey Vega se le ocurrió la idea de destruir a la humanidad golpeando la Tierra con Vega X3, que se contaminó con radiación y se volvió habitable. La única forma de evitar esto es disparar un misil guiado por explosión nuclear a Vega X3. Grendizer intenta tener éxito en la misión mientras libra una batalla mortal con las Fuerzas Aliadas de Vega.