La temporada 1 de Code Lyoko se emitió en France 3 de mercredi 3 septembre 2003 a mercredi 25 février 2004. Consta de 26 episodios, el primero se llama "Teddy Gozilla" y el último "Faux départ"..
Tras descubrir un universo paralelo escondido dentro de un superordenador, cuatro estudiantes deben evitar que un virus renegado destruya el mundo secreto.