La temporada 2 de Code Lyoko se emitió en France 3 de mercredi 31 août 2005 a mercredi 8 février 2006. Consta de 26 episodios, el primero se llama "Nouvelle donne" y el último "Réminiscence"..
Tras descubrir un universo paralelo escondido dentro de un superordenador, cuatro estudiantes deben evitar que un virus renegado destruya el mundo secreto.