Tres años después de derrotar a Apocalymon, los niños elegidos continúan con su vida en el mundo real. Cada uno ha tomado un camino diferente. Tai sigue jugando al fútbol, ahora asiste a secundaria al igual que sus compañeros; Sora ha cambiado el fútbol por el tenis; Matt toca en una banda llamada Teenage Wolves; Izzy sigue con su pasión de investigar todo lo referente al digimundo; Joe, continua estudiando como siempre y teniendo cientos de exámenes; Mimi se ha mudado a EE. UU y T.K., junto a Kari ,siguen estudiando en el colegio cursando 5º de primaria. En esta nueva aventura, aparecen unos nuevos niños elegidos llamados Davis Motomiya, Yolei Inoue y Cody Hida. A ellos se les unen T.K. y Kari para formar la nueva generación.