Vídeo : FLCL

Todo comienza cuando Naota Nandaba, chico bastante maduro para su edad, admirador de su hermano mayor, Tasuku que ha ido a Estados Unidos a jugar baseball, se encuentra aburrido y atrapado en la cotidianidad de la vida y acompañando a la solitaria novia de su hermano llamada Mamimi Samemija debajo de un puente en el tranquilo pueblo ficticio de Mabase, coronado por una enorme fabrica llamada Medical Mechanica en forma de plancha.

Todo cambia un día en el que conoce abruptamente a una chica muy extraña que lo atropella accidentalmente, al pasar por delante de la lata que tiro Naota porque tenia un sabor amargo "Esa lata la habia elegido Mamimi sin preguntar a Naota" y lo golpea con su bajo eléctrico en la cabeza, lo que le provoca que le salga un enorme chichón. A partir de ese momento, su vida tiene un giro de 180° y comienzan a suceder extrañas cosas alrededor de él, pues la chica que se hace llamar Haruko Haruhara llega a vivir con ellos de buenas a primeras, le salen cosas extrañas de la cabeza, como orejas de gato y gatillos de revolver que tiene que ocultar a sus amigos, es tragado por robots y termina envuelto en una pelea entre Haruko y Medical Mecánica por conseguir a Atomsk, el rey pirata capaz de robar planetas enteros.