Desconocido por la mayoría de la población, hace 33 años una civilización alienígena abrió una puerta interdimensional en la antártica para invadir la tierra. Los distintos países formaron una unidad militar comandada por las Naciones Unidas para combatir a los alienígenas. Utilizando las tecnologías más punteras fueron capaces de hacer retroceder a los extraterrestres de vuelta al portal al planeta al que designaron "Fairy". Pero la guerra todavía sigue. Rei Fukai, piloto de la fuerza aérea especial, vuela con el Yukikaze, un caza de última tecnología con una avanzada inteligencia artificial.