Alcuni alieni, provenienti da una dimensione alternativa, attaccano l'equipaggio della Andromeda proprio nel momento in cui sulla nave si sta svolgendo la cerimonia di ratifica della Carta della nuova Confederazione. Per fermare l'avanzata, Hunt decide di utilizzare un nuovo ordigno costruito da Harper. Beka si offre volontaria per lanciare la bomba contro il gigantesco tunnel dimensionale.