La astronave Andromeda viene infestata da alcuni organismi che si cibano dei suoi componenti metallici. La situazione di emergenza conduce alla scoperta di una sezione segreta dell'astronave, all'interno della quale, 300 anni prima, un membro dell'equipaggio è stato lasciato a morire. Ora, l'intelligenza artificiale di quest'uomo è decisa ad uccidere il capitano Hunt e a distruggere l'Andromeda.