Durante un'importante scoperta, riguardo alle tombe di Cleopatra e Marco Antonio, la dottoressa Castillo viene rapita da un gruppo di terroristi. Danny decide, quindi, di reclutare Lexi, anche se lei lo ha sempre incolpato per la morte del padre, per andare in suo aiuto. L'ex agente approfitta, inoltre, di un'asta a Roma per rapire Shaw, un intermediario dei terroristi che, in cambo di un contatto con i terroristi, gli chiede il pagamento di 2 milioni di dollari. Tuttavia, a causa di un errore di Lexi, Shaw riesce a fuggire oltre il confine.