L'equipaggio si reca da un medico esperto per curare le ferite di Moya e per rimuovere dal cervello di John l'impianto neurale di Scorpius. Ma quest'ultimo prende il sopravvento sui pensieri dell'astronauta mettendo tutti in pericolo. Aeryn tenta di fermarlo, ma perde la vita in un incidente aereo. Durante l'intervento di rimozione, Scorpius irrompe nella sala e si impadronisce del chip, lasciando John sotto i ferri, in preda ad un disturbo che gli impedisce di esprimersi.