Dopo aver trovato un punto d'incontro, pur mantenendo il loro astio, i due universi cominciano a collaborare scambiandosi dati e informazioni su casi passati e presenti.
Intanto, Olivia segue un nuovo caso che la porta a far la conoscenza di Lincoln Lee, agente dell'FBI a lei ora sconosciuto a causa dell'intervento degli Osservatori. I due, scontrandosi su un caso che vede la morte del partner dell'agente Lee, si trovano poi a collaborare a casi analoghi di morti in condizioni sconosciute e corpi con una strana lucentezza. Sconvolto dal vedere tutte queste cose nuove, Lincoln non si lascia intimorire ma, anzi, dà ottimi consigli per trovare la giusta pista per arrivare all'assassino: tutte le vittime infatti erano affette da patologie diverse che riconoscevano la stessa causa, un'intossicazione da metalli pesanti, i quali venivano prelevati dall'assassino. Trovato poi l'ultimo indizio, Olivia e Lincoln riescono a trovare e uccidere gli assassini, ignari di essere osservati proprio da una loro vittima, miracolosamente viva.
Dopo aver esaminato i corpi, Walter e Astrid trovano uno strano congegno nei corpi delle vittime che li porta ancora di più ad avere sospetti sull'altro universo e così Olivia, accompagnata da Lincoln, porta tutti i documenti all'altra Olivia, lasciando basito l'agente.
Intanto, gli Osservatori si riuniscono in quanto, nonostante la definitiva cancellazione di Peter, sembrano essere rimaste ancora tracce temporali della sua presenza: il loro compito è quello di eliminare anche le ultime reminiscenze. L'osservatore incaricato, Settembre, non riesce però a portare a termine il suo compito e lascia in vita quest'ultimo ricordo.
A caso concluso, Walter, che ora vive nel laboratorio per paura di lasciarlo, si mette a letto, sorvegliato da una guardia. Improvvisamente però, Walter comincia ad urlare, in quanto nella TV vede di nuovo l'uomo visto lo stesso giorno nello specchio: è l'immagine di Peter, a lui però sconosciuto.