Shinpachi torna all'Agenzia Tuttofare dopo l'anno di pausa dell'anime, e scopre che nel frattempo sono passati due anni e tutti intorno a lui sono profondamente cambiati: Kagura è cresciuta, Gintoki lo tratta con freddezza, Sadaharu ha ora un corpo umano, sua sorella Otae e Kondo si sono sposati, e Kondo stesso gli ha lasciato il suo posto nella Shinsengumi.