Ellen e Brian informano Duncan che non hanno intenzione di uccidere il presidente, ma lo aiuteranno a recuperare il campione di midollo osseo di cui ha bisogno per salvare Nina, a condizione che protegga i loro figli. Duncan accetta l'accordo con riluttanza fingendo di colpire Jake con la propria pistola di fronte ad Archer e Sandrine, sperando che questo li distragga dal cambiamento di piano. Successivamente fa nascondere Jake e aiuta Morgan ad ottenere una falsa identita'.Nel frattempo Nina, furiosa con Duncan dopo aver scoperto il piano escogitato dal marito, vuole coinvolgere la polizia, ma Duncan e Burton la rinchiudono in una stanza. Ciononostante la donna esce dalla stanza con l'aiuto di Sawyer, riuscendo a scappare con la bambina.In aeroporto pero' vengono fermate e portate dal colonnello Blair.