John Doe usa le sue abilità per risolvere un caso di omicidio, iniziato quando un uomo si è tuffato in una piscina coperta di sangue umano. Le indagini contribuiscono a fermare un traffico di immigrati clandestini. Karen viene licenziata e quindi prova a convincere John che ha bisogno di un'assistente. Una donna misteriosa potrebbe avere alcune informazioni sull'identità di John.