Ken Rothman, un ufficiale di Polizia licenziato da Avery a causa del pestaggio di un sospetto, inscena la sua morte e riesce così a penetrare nel Quartier Generale della Polizia. Qui, prende in ostaggio la maggior parte del personale. L'uomo pretende che la sua reputazione venga riabilitata. John scopre che Rothman possiede ed intende usare alcune fiale del virus del vaiolo.