Mentre la Sezione sta braccando Tyler, un terrorista pericoloso, scopre che un dipendente di uno dei contatti di Tyler ha inventato un esplosivo plastico che non è assolutamente individuabile. Quando Tyler rapisce il giovane, Nikita e il team sono inviati a catturare l'inventore. Il salvataggio va a monte, e a Nikita vengono dati ordini di cancellarlo. Lei rifiuta. Operation decide che Nikita è ormai andata oltre il limite e la assegna a una missione suicida con altri operativi destinati ad essere cancellati. All'insaputa di Operation, Michael da a Nikita il mezzo per scappare, ma la sua libertà cambierà le loro vite per sempre.