Con l'aiuto di Michael, Nikita sopravvive alla distruzione del rifugio della Freedom League nel finale della prima stagione. Una volta fuori dalla Sezione Uno inizia a lavorare come cameriera finché viene rapita dalla Freedom League ed usata come ostaggio contro la Sezione. Ma Nikita riesce a fuggire e durante una missione salva la vita a Michael; più tardi su una nave abbandonata i due amanti si ritrovano. Il rientro alla Sezione è piuttosto difficile a causa dell'esposizione di Nikita nei mesi passati fuori dalla Sezione Uno.