Dopo l'attentato ad una ambasciata Operations è convinto che il responsabile sia un terrorista ucciso dalla Sezione molto tempo prima. Irritato dal fatto che nessuno gli crede inizia a dare ordini inconsueti e a programmare missioni irrazionali, minacciando di uccidere chiunque non rispetti le sue direttive. Nikita, Walter e Birkoff prendono in considerazione l'ammutinamento, ma Michael prende inaspettatamente il controllo della Sezione. Madeleine sospetta che Michael possa aver architettato tutto per i suoi piani...