Nikita viene rimandata alla Sezione Uno con l’intento di portare al successo un’ultima missione, distruggere una nuova coalizione terroristica "Il Collettivo". Il suo partner, dopo la scomparsa di Michael, diventa O’Brian, il poliziotto già visto nella prima serie e il suo rientro alla Sezione non è affatto facile visto che tutti la giudicano una “spia”. Soprattutto Operations che non crede che Michael sia morto e vuole a tutti i costi dimostrarlo per distruggere una volta per tutte Nikita.