La squadra è chiamata ad indagare su una morte sospetta su un vascello che compie ricerche top secret in mare aperto. La loro missione è trovare il corpo, ma quando arrivano a bordo, la nave è deserta. Gibbs trova il corpo in sacchi da congelatore. Ducky inizialmente crede che la morta sia causata da asfissia ma poi capisce che la diagnosi corretta è febbre emorragica virale. Tutto il gruppo è stato esposto al virus e potrebbe morire entro un giorno. Ducky mette la nave in quarantena, nonostante le insistenze del comandante Skinner. Gli uomini che sono fuggito dalla nave devono essere messi anch'essi in quarantena ma sono scomparsi. E quando Skinner si rifiuta di spiegare cosa esattamente studino su quella nave, Jenny da il via alle indagini.
Curiosità:
Canzoni della puntata: "Big River" by Johnny Cash, "All I Need" by Mat Kearney
Prima TV Italia 5 ottobre 2008
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