Una misteriosa supplente di matematica alla Roswell High, la sig.na Topolsky, si informa molto sulla vita di Michael, e lo Sceriffo Valenti è tormentato dall'FBI. Nel frattempo, Michael cerca di entrare nell'ufficio di Valenti per rubare le prove riguardanti la vittima dell'omicidio del 1959 che aveva sul corpo la stessa impronta che era apparsa sul corpo di Liz dopo che Max le aveva salvato la vita. Prima che l'FBI arrivi a sequestrare gli schedari di Valenti, Michael riesce a recuperare una chiave, che lo stesso Valenti aveva in precedenza nascosto, e insieme a Max si chiede a cosa serva: toccando la chiave, Michael ha la visione di uno strano edificio... Nel frattempo Liz è sempre più lontana da Kyle e si avvicina a Max...