Una flotta da trasporto terrestre viene distrutta da astronavi sconosciute. Il Ministro Kirita, certo che il colpevole sia Harlock, per catturarlo si serve di Mayu. Cerca di convincerla a scrivere una lettera al pirata, in modo da farlo tornare sulla Terra. La bambina, però, si rifiuta. Piuttosto accetta la dura punizione della Direttrice. Intanto, nell'Osservatorio, il Professor Dayu e suo figlio Tadashi studiano la misteriosa sfera nera in rotta verso la Terra. L'oggetto ha dimensioni enormi, tali da escludere che si tratti di un'astronave o di un meteorite. I tentativi dell'Alkadia di farlo esplodere si rivelano inutili in quanto l'oggetto respinge anche le armi più potenti grazie ad una forte reazione magnetica. Harlock e il Professor Dayu cercano di convincere il Primo Ministro della possibilità che si tratti di un attacco alieno, ma questi non se ne preoccupa. La gigantesca sfera nera, infine, piomba sulla Terra, distruggendo ed incendiando ciò che si trova nelle sue immediate vicinanze.