L'Alkadia ha bisogno di riparazioni che vengono effettuate dentro l'Isola dei pirata, un satellite artificiale dotato di un meccanismo di mimetizzazione. Tori-san, l'uccello nero di Harlock, trova nell'isola un paio di occhiali rotti e piange disperato. Yuki e Tadashi vogliono sapere a chi appartengono e perché Tori piange. Harlock risponde "Lo so io. Appartenevano al mio amico, l'uomo che ha formulato il progetto più ardito dell'universo... e che ha costruito uno degli strumenti più perfetti per poterlo realizzare." e racconta come ha conosciuto il costruttore dell'Alkadia, Tokiro. Harlock lo ha incontrato in un saloon, il piccoletto era stato deriso e picchiato e lui lo aveva aiutato. Nel locale fanno la conoscenza di una donna bellissima con i capelli rossi, che si presentata con il nome di Esmeralda. Harlock, che ha una taglia sulla testa, viene arrestato e condannato all'impiccagione. Questa volta sarà Tokiro ha salvargli la vita e insieme fuggono sull'Isola dei pirati, costruita dallo stesso Tokiro. Esmeralda li segue e riesce ad entrare nel loro nascondiglio. Vuole assoldarli per un lavoro ma Harlock e Tokiro rifiutano di "essere comprati" perché hanno bisogno di tutto il loro tempo per riuscire a realizzare un loro sogno. Più tardi i due amici vengono catturati dalla astronave Everest e deportati sul Pianete del Male per farli lavorare nelle miniere. Esmeralda ha in progetto di salvare i prigionieri, Harlock e Tokiro decidono di giocare d'astuzia e fare qualcosa dall'interno sabotando l'Everest. Il piano funziona, una volta in salvo Esmeralda sposa Tokiro e qualche anno dopo nascerà Mayu.