Archer si sveglia durante un attacco all’Enterprise, scopre di non esserne più al comando e assiste alla distruzione della Terra. Quando si sveglia di nuovo, T’Pol gli spiega l’accaduto: per colpa di un’anomalia, Archer si ritrova dei parassiti nel cervello che gli impediscono di avere memorie a lungo termine dopo l’incidente. Sono passati dodici anni da allora, e tante cose sono cambiate: poche migliaia di umani vivono nascosti su un pianeta, T’Pol si è ritirata per prendersi cura di lui, Tucker è al comando dell’Enterprise e Phlox sta per arrivare da Denobula perché pare abbia trovato una cura per la sua malattia. Per curarlo, Phlox deve attingere energia dai motori di curvatura e, dai primi test, scopre che i parassiti verrebbero cancellati non solo nel presente ma anche nel passato, aprendo la possibilità che tutti gli ultimi dodici anni possano essere riscritti. Ma una spia Xindi ha seguito Phlox da Denobula e sei navi Xindi attaccano l’Enterprise prima che si possa operare su Archer.