Mentre si stanno muovendo i primi passi verso la nascita della Federazione, il Capitano Archer ed il suo equipaggio devono fermare Paxton e la sua organizzazione xenofoba che minaccia di distruggere il commando della Flotta se le razze aliene non abbandonano la terra. Intanto T'Pol e Trip, presi in ostaggio da Paxton, si trovano davanti ad una bambina creata con il loro DNA.