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Una volta sconfitti i Francesi, il Papa si dirige a Firenze per chiudere i conti con Savonarola, mentre Cesare parte per Forlì per sistemare Caterina Sforza. Nella città della Toscana il Papa incontra Niccolò Machiavelli e Piero Dè Medici e discute con loro metodi per sbarazzarsi di Savonarola. Tornato a Roma, durante le celebrazioni della Comunioni il tetto della Chiesa crolla e ciò viene interpretato come un segno di malcontento dal Cielo. Intanto Cesare consegna a Caterina un messaggio che le ordina di recarsi a Roma al cospetto del Papa volente oppure in catene. Dopo averne discusso con il cugino Giovanni Sforza, la donna rifiuta. Cesare uccide Giovanni, pagando così con la morte tutti gli arretrati di cortesia che aveva nei confronti di Lucrezia e della sua famiglia, e lascia Forlì. Della Rovere nel frattempo si incontra con il Savonarola per ricevere la sua benedizione per assassinare il Papa. Ricevuta tale benedizione fa ritorno alla sua Abbazia e incarica un servitore di entrare al servizio del Papa e di avvelenarlo appena se ne presenterà l'occasione. Michelotto torna nella sua casa d'origine e incontra un uomo importante per il suo passato.

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S02E06 - Day of Ashes