Savonarola viene torturato con l'accusa di professare eresia. Dopo la confessione, viene bruciato sul rogo. Il corpo di Juan viene ritrovato e il Papa insiste a non celebrare i funerali fin quando non verrà scoperto l'assassino; ciò porta Cesare a confessare al padre il suo crimine. Il giovane è finalmente sciolto dai suoi voti, dato che il Papa si rende conto degli errori da lui commessi all'interno della sua famiglia. Altri corteggiatori si presentano per la mano di Lucrezia. Il giovane Antonello continua la sua missione e sembra che il Papa venga avvelenato.