Durante un blitz scattato nel corso di un incontro con un delegato straniero che secondo Daisuke Aramaki della Sicurezza Pubblica potrebbe vedere coinvolte attività criminali e di corruzione, Aramaki conosce un misterioso cyborg, Motoko Kusanagi, che gli propone di formare una nuova unità speciale per il Ministero degli Interni. Aramaki chiede dunque a Kusanagi di avviare un'indagine.