Shaun Murphy (Freddie Highmore), un giovane specializzando in chirurgia con la sindrome di Asperger, si reca a San José per sostenere un colloquio in ospedale dopo la sua nomina. Ma un imprevisto all'aeroporto lo farà ritardare: assistendo a un incidente potenzialmente mortale che coinvolge un ragazzo, dovrà mettere alla prova le sue capacità e improvvisare con i mezzi a disposizione per salvare una vita. Nel frattempo, la sua nomina e il suo autismo sono oggetto di un acceso dibattito all'interno del Consiglio di Amministrazione dell'Ospedale San José San Bonaventura.