Un incontro amoroso di Ramsey viene interrotto dall'improvvisa irruzione al motel di un uomo che uccide la donna con la quale lo scienziato si stava intrattenendo. Mentre Fenway scopre che la vittima era in realtà un'infettata dal virus alieno, Baylock comunica a Caffrey che i federali si stanno interessando ad una serie di morti sospette dietro le quali potrebbe celarsi l'azione del misterioso omicida del motel. Lucas va a trovare la moglie che lavora in ospedale e viene aggredito dal dottor Sloane; si tratta proprio del killer misterioso, un uomo che possiede la capacità straordinaria di "vedere" coloro che sono stati infettati. Caffrey e Cavennaugh perquisiscono l'appartamento del dottore e, grazie ad alcune foto scattate da quest'ultimo, scoprono il luogo dal quale il ricercato Manning sta per tentare di diffondere l'infezione tramite l'acqua minerale. Durante il conflitto a fuoco, Manning muore, mentre Caffrey decide di lasciare libero il dottor Sloane dal momento che entrambi condividono la stessa missione.