Mason, Nadia en Bernard verstoppen zich verspreid in Europa na de gebeurtenissen in seizoen één. Mason worstelt met identiteitsproblemen en Nadia vlucht met haar dochter voor agent Aparna, terwijl Bernard samenwerkt met ex-CIA-agent Hutch om Paulo Braga te stoppen. Een geheim wordt onthuld als Nadia Frank Sharpe confronteert.