Het verhaal herbegint vier maanden na de finale van het eerste seizoen. Mohinder heeft run-in met Het Bedrijf. Bennets poging om onder de radar in een nieuwe Californische stad te leven. Hiro ontmoet zijn kinderjarenheld Takezo Kensei. De tweelingen Maya en Alejandro vluchten voor een moordbeschuldiging in Honduras. Een verbinding wordt aan het licht gebracht tussen Kaito Nakamura en Angela Petrelli.