Shin découvre que Sara et Mao ont d’étranges capacités liées à l’île. La tension entre Sara et Aries s’intensifie, car le mentor de Sara est le même professeur qui lui a prélevé du sang à un plus jeune âge. Pendant ce temps, Mao emmène Shin dans l’océan pour lui montrer le « trésor secret » de l’île (un grand fragment de l’ancienne relique connue sous le nom de « AFOS »). Là-bas, Shin en apprend davantage sur l’adaptation à différents environnements en observant un banc de poissons volants et une volée d’oiseaux qui nagent également. Mais Maya et l’océan qui l’entoure redeviennent une zone de guerre lorsque les forces anti-ONU attaquent la flotte d’Asuka II et l’île dans l’espoir d’emporter l’AFOS lourdement gardée. Shin et Edgar (à bord de leur VF-0D) doivent protéger le fragment AFOS des forces d’invasion.