G Maebara Keiichi, een jonge tiener, is onlangs met zijn familie van de stad naar het plattelandsdorpje Hinamizawa verhuisd. Hij went goed aan zijn nieuwe leven, maakt vrienden op de kleine school, speelt spelletjes en brengt de tijd door in relatieve gelukzaligheid, wanneer er plotseling een gruwelijke moord plaatsvindt. Een mysterie begint zich te ontrafelen – dat teruggaat tot gebeurtenissen vijf jaar geleden. Naarmate Keiichi meer te weten komt over deze vreemde gebeurtenissen, vraagt hij zich af of hij de waarheid achter dit alles onder ogen zal kunnen zien.