De serie volgt de avonturen van de drie Baudelaire-kinderen - Violet, Klaus en Sunny - die na een tragisch ongeluk wees zijn geworden. Terwijl de kinderen van pleeggezin naar pleeggezin gaan, probeert de gemene Graaf Olaf de voogdij te krijgen, en daarmee aanspraak te maken op de grote erfenis die de ouders hebben achtergelaten. De kinderen ontdekken dat hun ouders deel uitmaakten van een mysterieuze organisatie.