Duizenden jaren na een vreemde gebeurtenis die de hele mensheid versteende, ontwaakt Senku, een middelbare scholier met een opmerkelijke intelligentie en een scherpe wetenschappelijke geest, uit zijn versteende slaap. Geconfronteerd met een wereld bevroren in de tijd, waar alle beschavingen zijn ingestort, besluit hij zijn wetenschappelijke kennis te gebruiken om de wereld weer op te bouwen. Bijgestaan door zijn onafscheidelijke jeugdvriend, de onverbeterlijke Taiju Ôki, die ook uit zijn versteende slaap is gekomen, moeten ze helemaal opnieuw beginnen. Zo begint een buitengewoon avontuur om duizenden jaren wetenschappelijke geschiedenis terug te winnen, van het Stenen Tijdperk tot nu...