In 2029, in een Japan van de nabije toekomst, is de cyborg Motoko Kusanagi van plan een eenheid op te richten die zich toelegt op het bestrijden van opkomende bedreigingen. Ondertussen werft Daisuke Aramaki leden voor zijn team en richt hij Afdeling 9 van de Openbare Veiligheid op, ook wel bekend als de „Speciale Eenheid“. Er broeit een samenzwering en er is een hacker opgestaan: de ‘Puppet Master’. Wat heeft de toekomst voor Kusanagi in petto? Wat zijn de bedoelingen van deze hacker? Een nieuw tijdperk van door cyberpunk geïnspireerde actie staat op het punt te beginnen!