MacGyver est contacté par Aileen, une agent du MI-6 britannique, qui affirme avoir retrouvé le Fantôme, l'assassin du mentor de Mac. D'après elle, l'artificier aurait été capturé par l'Armée Russe en Tchéchénie. Mac, se sachant émotionnellement impliqué, demande l'aide de Charlie pour être sûr de garder la tête froide et lui et son équipe partent pour en finir définitivement avec le Fantôme.