C'est l'histoire de Jiraya en mission au village de la Pluie avec Orochimaru et Tsunade où ils furent nommés les Sannin légendaires de Konoha par Hanzô la Salamandre. Ils y rencontrent trois orphelins tentant de survivre, que Jiraya reste entraîner durant 3 ans ; il découvre alors sur l'un d'eux, Nagato, un dōjutsu légendaire : le rinnegan.