Sem lembranças sobre o que aconteceu em sua vida nos últimos dois anos, Sydney luta para tentar se adaptar a uma realidade totalmente nova e confusa para ela. Sydney confronta Vaughn sobre o casamento dele e descobre chocantes informações sobre os destinos de Jack e Sloane. Enquanto isso, a CIA autoriza Sydney a participar de uma missão que talvez possa lhe ajudar a recuperar sua memória.