Sydney, em busca da verdade por trás do seu desaparecimento por dois anos, confronta Sark, que está preso e sob custódia da CIA. Mas quando uma nova organização terrorista exige que Sark seja libertado em troca de dois cientistas que eles seqüestraram, Sydney terá que fazer uma troca de prisioneiros contra a sua vontade... apenas para descobrir uma conexão com o seu desaparecimento. Enquanto isso, Vaughn luta contra a decisão de retornar à CIA, mesmo que isso signifique trabalhar novamente com Sydney. Jack confronta Sloane sobre o possível papel dele no desaparecimento de sua filha — e acaba descobrindo um surpreendente segredo. E Sydney conhece Lauren, a esposa de Vaughn.