С возвращением грузового корабля из 1963 года, восточное отделение A.E.G.I.S. сталкивается с новым специальным захватчиком, называющим себя Кикай Сёгуном (Генерал Машина). Обладая способностью сливаться с машинами, генерал выбирает синкансен Хикари в качестве своей следующей жертвы. На этом поезде едут Сюн и его семья, возвращающиеся с короткого отпуска. В то время как поезд мчится на полной скорости к станции Токио, остальная команда Хранителей Врат должна перехватить его, прежде чем он столкнется. Поезд нужно остановить до того, как он достигнет станции, или уничтожить!