После чудесного спасения из крушения самолета, Макото и Джек получают сообщение от Сары через XM, которое раскрывает, что она находится в плену в швейцарском физическом институте CERN. Чтобы добраться до Швейцарии, Макото и его спутники отправляются в путешествие по индийским пустошам. На их пути появляется невидимый враг.