Первокурсник сельскохозяйственного университета, Савуки Соэмон Наохо, обладает уникальной способностью видеть микробы. С наступлением сезона сбора урожая, Савуки вместе с однокурсницей Оикавой Хадзуки, старшекурсницей Мисато Каору, Такумой Кавахамой, мисс университета Мутой Аой и аспиранткой Хасэгава Хару начинают управлять ферментационным складом под руководством профессора Дзю. Тем временем, первокурсник Юуки Хотару решает приостановить учебу и начинает помогать в магазине Хийосидзё, но вскоре присоединяется к команде Савуки для участия в долгожданном производстве саке. Члены семинара Дзю погружаются в процесс создания мисо и саке. В это время Оикава замечает странное отверстие в ферментационном складе.