В 2203 году нашей эры Солнечная система подвергается внезапной атаке флота Империи Тёмного Звёздного Кластера. Штаб оборонительных сил оказывается захвачен десантными войсками, и человечество вынуждено сдаться под угрозой разрушительного оружия — тяжёлой ядерной бомбы, уничтожающей только человеческие нейроны. Бывшие члены экипажа Ямато, во главе с Кодай, пытаются покинуть Землю, но в ходе боя Мори Юки получает ранения и остаётся на поверхности. Экипаж Ямато, скрывавшийся в поясе астероидов, направляется к главной базе врага Империи Тёмного Звёздного Кластера, чтобы уничтожить контрольное устройство тяжёлой ядерной бомбы. Тем временем, командующий Земной Обороны Тодо организует партизанскую группу вместе с Мори Юки и другими, чтобы захватить бомбу. Начинается контратака Земли, разделившейся на два фронта: космический Ямато и партизаны на Земле.