Спустя несколько месяцев после смертельной битвы с Империей Белой Кометы, Деслаер, возглавляя остатки флота Гамилуса, вновь посещает опустошённую родину Гамилус. Он обнаруживает загадочный конвой, который занимается добычей на планете Гамилус. В гневе от того, что его родина была попрана, Деслаер решает атаковать конвой. Однако из-за цепной реакции взрывов вражеских кораблей на Гамилусе происходят масштабные тектонические изменения, и сама планета начинает разрушаться. Более того, двойная звезда Гамилуса, Иссандал, выходит из своей орбиты и начинает блуждать по космосу. Узнав через связь о бедственном положении своей бывшей покровительницы Старши из Иссандала, Ямато с новыми членами экипажа направляется к Иссандалу. Но на их пути возникает загадочный флот, называющий себя Империей Тёмного Звёздного Скопления.