L'histoire suit, au xxvie siècle, Malcolm Reynolds (Nathan Fillion), dit « Mal », et Zoe Washburne (Gina Torres), des survivants de leur unité rebelle ayant participé à la bataille de la Serenity Valley qui a signé la perte de leur camp lors de la Guerre d'unification. Les deux Manteaux bruns (Browncoats) étaient au front quand ils ont vu leur camp tomber par manque de soutien aérien.