Le jour où Sasahara découvre le club du Genshiken (alias le club d'études de la culture visuelle moderne) lors de la rentrée à la fac, ce grand timide et indécis se trouve enfin une raison d'être via le culte commun de Kujibiki Unbalance (l'anime à succès du moment) dont chaque épisode est visionné scrupuleusement par chacun des membres. Ce petit groupe de passionnés ira de discussion en débats jusqu'à l'intrusion de Saki, une jeune fille "normale" amoureuse de Kosaka, l'un des membres... provoquant ainsi la confusion des genres entre profane et otaku.