Dans la région d'Orudan, alors que Ho-oh survole la vallée, une grande bataille se prépare. Lucario, qui sautant de rocher en rocher, a pu apercevoir deux armées de Pokémon, une rouge et une verte, se faisant face et chargeant l'une et l'autre, pose sa main sur un cristal et prévient son maître Aaron de l'imminence du combat.
Celui-ci saute sur un Roucarnage, et prend la direction de la vallée. Lorsqu'il atteind l'endroit ou Lucario l'attend, il informe le Pokémon légendaire que lui, Aaron, doit se rendre auprès de l'Arbre du Commencement du Monde, pour sauver la planète des ravages de la guerre. En Pokémon loyal, Lucario demande à l'accompagner, mais Aaron brandit son sceptre, et Lucario se transformant en une vague d'énergie, se fait aspirer dans le cristal du sceptre, et regarde s'éloigner son maître, alors que les deux armées entament la bataille au coeur de la vallée...