Dans le cadre d'une nouvelle alliance, Shadow, Rouge et Eggman mettent à exécution leur dernier plan. Alors qu'Eggman lance une attaque sur l'île-prison, Rouge s'y introduit pour voler trois émeraudes du Chaos, et Shadow s'y faufile pour poser une bombe qui détruira l'île. Alors que Chris et Tanaka utilisent un petit bateau pour se rendre sur l'île-prison, Tails et Amy arrivent sur l'île à bord de X Tornado pour sauver Sonic. Lorsque Amy tombe accidentellement sur Shadow, Eggman arrive pour l'achever, mais Tails s'interpose et se bat avec Eggman. Amy entre et libère Sonic, qui trouve alors Shadow. Les deux hérissons s'affrontent. Mais des problèmes surgissent. Rouge se retrouve piégée dans l'enceinte et Shadow, qui a un autre flashback de Maria, se détache de la bataille pour aller la sauver.